Wydział Filologiczny jako jednostka występująca pod tą nazwą jest jednym z najmłodszych wydziałów na Uniwersytecie Mikołaja Kopernika. Powstał 1 września 1999 roku na podstawie uchwały Senatu UMK z dnia 26 stycznia 1999 o podziale Wydziału Humanistycznego na dwa Wydziały: Filologiczny i Humanistyczny.
Od 1 października 2019 roku Wydział Filologiczny zmienił nazwę na Wydział Humanistyczny, a dotychczasowy Wydział Humanistyczny po połączeniu z Wydziałem Nauk Pedagogicznych stał się Wydziałem Filozofii i Nauk Społecznych.