Wydział Filologiczny jako jednostka występująca pod tą nazwą jest jednym z najmłodszych wydziałów na Uniwersytecie Mikołaja Kopernika. Powstał 1 września 1999 roku na podstawie uchwały Senatu UMK z dnia 26 stycznia 1999 o podziale Wydziału Humanistycznego na dwa Wydziały: Filologiczny i Humanistyczny. Od 1 października 2011 roku zajęcia dydaktyczne oraz dyżury pracowników naukowych większości kierunków neofilologicznych mieszczą się w nowoczesnym budynku Collegium Humanisticum przy ul. Bojarskiego 1. Tam również znajdują się sekretariaty: Katedry Filologii Angielskiej, Katedry Filologii Germańskiej, Katedry Filologii Romańskiej, Katedry Italianistyki, Pracowni Języka i Kultury Japońskiej, Pracowni Języka i Kultury Arabskiej, Centrum Badań Australijskich, Centrum Badań Kanadyjskich oraz Centrum Języka i Kultury Chińskiej.